中国科学院微生物研究所（http://www.im.cas.cn）是隶属于中国科学院的科研事业单位，成立于1958年12月3日，目前已成为国内外规模最大的国立综合性微生物学研究机构之一。研究所坚持 微生物、高科技、大产业 的战略定位。以病原微生物与免疫、微生物资源、微生物技术为主要研究领域，设有微生物资源前期开发国家重点实验室（微生物资源与生物技术研究室）、真菌学国家重点实验室（真菌学与创新技术研究室）、农业微生物组学与生物技术研究室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室（微生物生理与代谢工程研究室）。另设有中国普通微生物菌种保藏中心、国家微生物科学数据中心、高等级生物安全实验室和菌物标本馆等基础设施平台。位于中国科学院奥运村园区，毗邻国家5A级森林公园。